Interpretacja przepisów prawa podatkowego przez Izbę Skarbową zmusza FNP do zapłacenia podatku (jak później orzeka Sąd Najwyższy – niesłusznie naliczonego) w wys. ok. 80 mln zł. Fundacja odwołuje się do wyższych instancji wymiaru sprawiedliwości, nie zgadzając się z interpretacją IS, która oznaczałaby dla FNP utratę możliwości efektywnego pomnażania kapitału, a w konsekwencji – ograniczenie jej działalności, być może nawet – stopniową likwidację. W sporze z Izbą Skarbową Fundację solidarnie popiera środowisko naukowe, a także Rzecznik Praw Obywatelskich, który korzystnemu dla Izby wyrokowi NSA zarzuca błędną wykładnię prawną oraz naruszenie interesu Rzeczypospolitej.