Od rozpoczęcia swojej działalności w 1991 r.  FNP przekazała ponad 1,710 mln zł na wspieranie nauki ze środków własnych i funduszy strukturalnych UE. Fundacja przyznała ponad 12 600 stypendiów, subsydiów i nagród naukowcom ze wszystkich dziedzin, na wszystkich etapach kariery naukowej i wsparła utworzenie ponad 560 nowych zespołów badawczych. Od zawsze istotne dla FNP było wspieranie młodych naukowców. Do jej flagowych programów skierowanych do tej grupy należy program START, najstarszy i największy program stypendialny w Polsce, w którym FNP przyznała ponad 3800 stypendiów, przekazując młodym naukowcom łącznie ponad 87 mln zł. Fundacji udało się również stworzyć prestiżową serię wydawniczą Monografie FNP, w ramach której ukazało się już ponad 230 książek z dziedziny nauk humanistycznych i społecznych.

Z okazji swojego jubileuszu FNP realizowała w 2021 roku akcję „Ufajmy nauce”, w ramach której przygotowała film o szczepionkach mRNA oraz zorganizowała cykl debat na temat szczepionek i leków na COVID-19 z udziałem uznanych autorytetów naukowych. Celem tych działań było inspirowanie rzetelnej, opartej na naukowej wiedzy dyskusji i propagowanie sprawdzonych informacji na temat istotnych społecznie problemów i wyzwań.